HTMLファイルと異なる場所に画像ファイル、FPE本体、定義ファイルが存在していることからopenFPE関数の第1引数:FPE本体ファイル名、第5引数:定義ファイル名及び定義ファイル中の画像位置指定(パス指定)に適切な指定を行う必要があります。

ファイル構成定義ファイル例
Flash Presentation Engine 本体misfpe.swf(FPE本体)
定義ファイルconfig.xml(定義ファイル)
画像ファイル001.jpg
画像ファイル002.jpg
画像ファイル003.jpg
ディレクトリhtml
結合アイコンHTMLファイル???.html(HTMLファイル)
<?xml version="1.0" encoding="UTF-8" ?>
<pagedata>
<common>
    <copyright>elz.jp</copyright>

    <image_max>3</image_max>
    <effect_type>31</effect_type>
    <effect_time>10</effect_time>
    <stop_time>30</stop_time>

    <!-- プレフィックスでの画像位置指定 -->
    <prefix>../</prefix>

</common>
</pagedata>

prefixパラメータに「../」という値を設定することで
../001.jpg
../002.jpg
../003.jpg
という画像を表示させることができます。

imageセクション中のimage_urlパラメータで定義する場合は
<image_url>../001.jpg</image_url>と指定して下さい。

HTMLファイルの存在する場所を基準に画像ファイルへの相対パスを設定することがポイントとなります。

openFPE関数(JavaScript)での組み込み例
<SCRIPT language="JavaScript" type="text/javascript">
<!--
openFPE('../misfpe.swf','???.jpg',???,???,'../config.xml','#ffffff');
//-->
</SCRIPT>
<NOSCRIPT>
<IMG SRC="???.jpg" WIDTH="???" HEIGHT="???" alt="փC[W">
</NOSCRIPT>

HTMLファイル格納場所を基準としてmisfpe.swfの存在する場所をopenFPE関数の第1引数にて指定して下さい。
HTMLファイル格納場所を基準としてconfig.xmlの存在する場所をopenFPE関数の第5引数にて指定して下さい。