HTMLファイルと異なる場所にFPE本体が存在していることからopenFPE関数の第1引数:FPE本体ファイル名に適切な指定を行う必要があります。

ファイル構成定義ファイル例
HTMLファイル???.html(HTMLファイル)
定義ファイルconfig.xml(定義ファイル)
画像ファイル001.jpg
画像ファイル002.jpg
画像ファイル003.jpg
ディレクトリFPE(FPE本体格納フォルダ)
結合アイコンFlash Presentation Engine 本体misfpe.swf(FPE本体)
<?xml version="1.0" encoding="UTF-8" ?>
<pagedata>
<common>

    <copyright>elz.jp</copyright>

    <image_max>3</image_max>
    <effect_type>31</effect_type>
    <effect_time>10</effect_time>
    <stop_time>30</stop_time>

</common>
</pagedata>

画像ファイルの設置場所を意識した定義は必要有りません。

openFPE関数(JavaScript)での組み込み例
<SCRIPT language="JavaScript" type="text/javascript">
<!--
openFPE('FPE/misfpe.swf','???.jpg',???,???,'config.xml','#ffffff');
//-->
</SCRIPT>
<NOSCRIPT>
<IMG SRC="???.jpg" WIDTH="???" HEIGHT="???" alt="փC[W">
</NOSCRIPT>

HTMLファイル格納場所を基準としてmisfpe.swfの存在する場所をopenFPE関数の第1引数にて指定して下さい。